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摩托车扣分会扣小车驾驶证。根据相关规定，驾驶人发生道路交通违法行为的，会被处罚同时除驾驶证的分，摩托车和小车都属于机动车驾驶证，若骑行摩托车的时候发生了道路交通违法行为则都会扣这本驾驶证的分。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十五条 道路交通安全违法行为累积记分周期（即记分周期）为12个月，满分为12分，从机动车驾驶证初次领取之日起计算。 据道路交通安全违法行为的严重程度，一次记分的分值为：12分、6分、3分、2分、1分五种（附件4）。 第六十六条 对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分同时执行。 机动车驾驶人一次有两个以上违法行为记分的，应当分别计算，累加分值。